C'est en 944 que fut construit la Mosquée d'Or, autre nom du mausolée d'Ali al-Hadi et de Hasan al-Askari, respectivement le dixième et le onzième Imams chiites, tout comme la châsse de Muhammad al-Mahdi, connu comme l'« Imam caché », qui fut le douzième et dernier Imam chiite. De ce fait Sāmarrā est devenue un important lieu de pèlerinage pour les musulmans chiites.
Pendant le XXe siècle, Sāmarrā gagne en importance quand un lac est créé près de la ville grâce à un barrage sur le fleuve qui est construit dans le but de mettre fin aux fréquentes inondations de Bagdad. Beaucoup d'habitants ont été déplacés lors de la construction du barrage, ce qui a fortement augmenté la population de Sāmarrā.
A la suite de l'invasion de l'Irak en 2003, Sāmarrā devient l'objet de nombreux attentats entre communautés sunnites et chiites. Le dôme de la Mosquée d'Or est détruit par un premier attentat le 22 février 2006, et un autre attentat frappe ses deux minarets le 13 juin 2007.