Alors qu'il travaillait à la réforme de Thérèse d'Avila, Jean de la Croix fut appréhendé et interné à Tolède en 1578 par les Carmes non réformés. Emprisonné pendant huit mois dans des conditions très éprouvantes, il vécut dans son cachot de grandes épreuves et de grandes joies, il y a conçu les trente premières strophes de son Cantique. Comme il n'avait rien pour écrire, il en a mémorisé les strophes au fur et à mesure qu'il les composait. Les dix dernières strophes ont été rédigées à Baeza et à Grenade dans les années qui ont suivi son évasion.
>C'est en 1584, alors qu'il était prieur à Grenade qu'il a composé un commentaire à ce poème à la demande d'Anne de Jésus, le bras droit de Thérèse, qui était alors prieure des carmélites de la ville. À la mort de celle-ci, Anne de Jésus, chassée d'Espagne et limogée comme Jean de la Croix par Nicolas Doria, le général des carmes à l'époque, a introduit le Cantique en France où il a été édité pour la première fois en français. C'était à Paris en 1622. Il a été réédité un peu plus tard, en 1627, en espagnol, à Bruxelles, par une compagne d'Anne de Jésus.
Les carmes espagnols alors en charge, dont certains ont malmené Jean de la Croix jusqu'à sa mort en 1591, ne se sont décidés à publier son œuvre qu'en 1618, mais sans le Cantique spirituel, trop mystique et pouvant prêter le flanc à la censure. Celui-ci n'a été publié en Espagne qu'en 1630. Tout cela est un épisode mineur de ce qu'on a appelé "l'exil espagnol" : exil de toute une Espagne hétérodoxe, mystique, ouverte à de multiples courants, par une Espagne orthodoxe, intolérante, celle même qui a mis sur pied l'Inquisition.
Il existe deux versions connues du Cantique spirituel : le Cantique A qui comporte 39 strophes, et le Cantique B, plus tardif, retravaillé par Jean de la Croix à des fins pédagogiques et comportant une strophe de plus. Suite à une polémique entre commentateurs espagnols et français concernant l'authenticité de la deuxième version, les traductions françaises ne donnent que le Cantique A. Les éditions espagnoles elles, donnent celui-ci comme une première ébauche et mettent au premier plan le Cantique B. Nous suivrons la première version, plus spontanée, puis essaierons de voir ce qu'apporte le Cantique B.
