La plus célèbre photo de Khaldei est celle d'un soldat soviétique accrochant le drapeau rouge sur le toit du Reichstag, à la chute de Berlin, à la fin de la Seconde Guerre mondiale. La photo représente un moment historique, la défaite de l'Allemagne nazie et sa capitale prise par l'Armée rouge après quatre ans de pertes effroyables pour les Soviétiques. Le mois précédent, en avril, Evgueni Khaldei, qui a alors 28 ans découvre la photo de l'Américain Joe Rosenthal représentant les Marines plantant la bannière étoilée sur Iwo Jima2. Le photographe soviétique convainc alors sa hiérarchie de réaliser une photo similaire. Alors que Berlin est sur le point d'être pris par les troupes soviétiques, il fait fabriquer à Moscou d'immenses drapeaux rouges dans des nappes2 et part en avion pour Berlin.
La photo qui fera le tour du monde est une reconstitution. En effet Mikhail Minin, un jeune soldat de 23 ans est monté sur le toit du parlement allemand et a accroché un drapeau sur l'une des statues, Germania, le 30 avril 1945 à 22h40. Mais du fait de l'obscurité, aucune photo ne put être prise. Le jour suivant, le drapeau fut enlevé par des soldats allemands qui résistèrent encore quelques jours dans le quartier du Reichstag. Finalement, le 2 mai 1945, Khaldei escalada le bâtiment dans le quartier désormais pacifié pour prendre la photo avec deux soldats accrochant le drapeau à un pinacle, le Géorgien Meliton Kantaria (pour plaire à Staline qui était lui même georgien) et le Russe Mikhail Yegorov. Rentré à Moscou le soir même2, il donne son travail à l'agence Tass. Mais il n'avait pas remarqué qu'un des soldats portait deux montres et dut l'effacer au montage, car ce détail pouvait symboliser le pillage de Berlin par les troupes russes. Les versions suivantes de la photo subiront encore d'autres modifications avec un rajout de fumée dans le ciel et un autre drapeau pour donner un aspect plus dramatique.
Ce n'est qu'après la chute du mur de Berlin, qu'Yevgeny Khaldei put montrer le cliché non retouché qu'il avait conservé2.