Lorsque la guerre de Sécession éclate en 1861, Gardner fait office de photo-journaliste de guerre. President Lincoln on the Battlefield of Antietam (1862, « Le Président Lincoln sur le champ de bataille à Antietam ») et Home of a Rebel Sharpshooter, Gettysburg (1863, « Rebelle tué au combat, Gettysburg »), ainsi que ses portraits d'Abraham Lincoln, font partie des photographies marquantes de cette période de l'histoire des États-Unis.