C'est un ancien port de commerce du sel, puis port de guerre catholique voulu par le cardinal de Richelieu pour concurrencer la place forte huguenote de La Rochelle. Brouage est également considérée comme étant la commune de naissance du géographe Samuel de Champlain qui a participé à la fondation et à la colonisation de la Nouvelle-France, et qui est le fondateur de la ville de Québec au Canada.
Les marais et la place forte de Brouage ont été admis dans le Réseau des grands sites de France en 19892. La commune appartient également depuis 2011 au réseau « Villages de pierres et d'eau », label initié par le conseil général afin de promouvoir des sites exceptionnels présentant la particularité d'être situés au bord d'une étendue d'eau (mer, rivière, étang...).