Huntsville a le siège du Texas Department of Criminal Justice, l'Administration pénitentiaire du Texas. Huntsville Unit est la seule prison habilitée à appliquer la peine de mort au Texas, la chambre d'exécution où sont pratiquées l'injection létale s'y trouve donc.
La ville est aussi célèbre pour son pénitencier de Ellis One Unit situé à 19 km au nord, qui abrita le couloir de la mort des hommes pour le Texas de 1965 à 1999, avant le transfert de celui-ci au Allan B. Polunsky Unit qui se trouve à une cinquantaine de kilomètres à l'est. Les condamnés ne sont transférés depuis cet établissement vers Huntsville Unit qu'une fois leur ordre d'exécution signé par le juge (et non le gouverneur).
Les exécutions capitales du Texas (soit la plus grande partie des exécutions sur le sol américain, 406 sur 10995 depuis le rétablissement de la peine de mort aux États-Unis en 1976 et 60 % des exécutions nationales en 2007).
La ville vit principalement de l'administration pénitentiaire avec 15 000 prisonniers répartis dans sept établissements différents (en 2008, deux autres sont en projet) et près de 5000 gardiens, pour environ 35 000 habitants (en comptant les prisonniers) ce qui lui vaut le surnom de « Prison City »6. Une famille d'Huntsville sur deux à un de ses membres qui travaillent pour l'administration pénitentiaire locale qui gère également 100 000 personnes en liberté conditionnelle et plus de 300 000 en liberté surveillée6.
L'évasion du quartier des condamnés à mort, dans la prison d'Ellis, de Martin Gurule, en 1998, trouvé mort quelques jours plus tard, était la première depuis l'évasion, en 1934, de Raymond Hamilton, l'un des compagnons de Clyde Barrow et Bonnie Parker. Hamilton avait été recapturé et exécuté sur la chaise électrique.