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C'est principalement pour sa contribution à la musique religieuse et à la musique de scène que Lully nous est connu. Il restera dans l'histoire comme le véritable créateur de l'opéra français.
Admiré par les musiciens de son temps, il fut joué sans discontinuer jusqu'à la Révolution de 1789, et son influence fut immense en France sur des compositeurs comme François Couperin, Marin Marais, Jean-Philippe Rameau, mais aussi dans l'Europe entière. Les gardiens de sa tradition alimentèrent en 1733 ce que l'on appela la Querelle des Lullystes et des Ramistes. Certains de ses élèves contribuèrent au rayonnement de son style en dehors de la France : dans les pays germaniques Georg Muffat (qui a d'ailleurs décrit dans les préfaces de ses éditions les pratiques de Lully pour l'instrumentation, l'ornementation, les coups d'archet et la discipline de l'orchestre), Johann Sigismund Kusser (qui portait en France le nom de Cousser), Johann Caspar Ferdinand Fischer et les italiens Vincenzo Albrici et Agostino Steffani.

Lully a également eu une influence considérable sur les compositeurs d'opéra de la fin du xviiie siècle, surtout à l'occasion de la « réforme » de l'opéra qui a consisté à supprimer ce que l'on considérait alors comme un vocalisme excessif nuisant à l'efficacité théâtrale. C'est ainsi qu'en écrivant Roland et Atys, Piccinni (le deuxième Italien après Lully à devenir compositeur pour l'opéra royal) a utilisé des livrets de Quinault révisés par Marmontel). De la même façon, Gluck et Tommaso Traetta ont écrit Armide sur le livret de Quinault. En somme, Lully, qui estimait qu'il fallait chanter ses opéras comme la Champmeslé déclamait à la Comédie-Française, semble avoir créé, bien plus que Wagner, l'idéal du drame en musique — la « tragédie en musique », comme il l'appelait d'ailleurs