Le chapiteau le plus célèbre d’Autun est probablement la Fuite en Egypte, qui provient du chœur, où l'on admire la Vierge Marie et Jésus sur l’âne et Joseph. On retrouve ce sujet à Saulieu. Les autres merveilles sont la Mort de Caïn (nef) qu'on retrouve même deux fois à Vézelay, la Pendaison de Judas (nef) qui est une scène très dramatique qu'on peut voir encore à Saulieu, Dieu et Adam (nef), l'Arrivée des Mages chez Hérode (mutilé, provenant du choeur), l’Adoration des Mages (choeur) et le Sommeil des Mages (chœur) qui sont des sculptures très émouvantes, Balaam sur l'ânesse (mutilé, corbeau provenant du portail du narthex) qu'on peut voir aussi à Saulieu et à La Rochepot, l'Ethiopian (corbeau du portail du narthex), un Nain combattant (chœur), l'Offrande de l’Eglise (nef), deux Vices et deux Vertus (nef) aux visages étonnants, Basilic et Sagittaire (chœur), l'Oiseau tricéphale (chœur), un atlante (provenant du portail ouest) ainsi que 9 feuillages très délicats.
