Ce n'est qu'en 1474 que le nom de Mostar apparaît pour la première fois dans un document de 1474 en référence au gardiens du pont, les mostari.
Ce pont antique qui se trouvait sur la route commerciale entre l’Adriatique et les riches régions minières du centre de la Bosnie, permit à la bourgade de s'étendre sur la rive droite de la Neretva et de devenir le siège d’un kadiluk (district avec un juge régional). Elle fut ensuite la première ville du sandjak de l’Herzégovine, avant d'être le centre du gouvernement turc à l'arrivée des Ottomans.
Au xve siècle, les archives mentionnent une place forte à l'endroit où l'on passait d'un bord à l'autre de la rivière Neretva par un pont suspendu. Ce pont, qui a donné son nom à la ville, Mostar, ("mostar" signifiant le "passeur du pont" à qui il fallait payer le droit de passage), favorisa le développement du transport et l'essor du commerce. Dès 1475, un premier quartier musulman (dit "mahala"), avec mosquées et bains, s'établit au bord de la rivière, au nord du lieu de passage. Le noyau du bourg musulman s'est formé de part et d'autre du pont de pierre construit en 1566 sous le gouvernement de Karadjoz-Beg. Quand la Bosnie-Herzégovine passe sous administration austro-hongroise en 1878, après la période ottomane, la ville de Mostar connaît un nouvel essor économique et urbain.