L'empire khmer est fondé au début du ixe siècle par Jayavarman II. L'un de ses successeurs, Indravarman I, entreprend des travaux d'aménagement hydraulique qui seront la base de la prospérité de la région. Il est aussi à l'origine du premier édifice encore visible, le Preah Kô, consacré en 879 et construit en brique comme tous les monuments antérieurs, inaugurant plus de trois siècles d'apogée de l'architecture khmère.

Le premier temple-montagne, configuration caractéristique de la cosmologie hindouiste, est édifié par ses soins en 881 au Bakong. Ces temples-montagnes adoptent une symbolique du mont Meru, axe du monde et séjour mythique des dieux en 5 niveaux concentriques hérissés de 109 tours.

Les successeurs d'Indravarman, notamment son fils Yaśovarman crédité du titre de « créateur d'Angkor », entreprennent des aménagements gigantesques, plus au nord-ouest, avec construction des digues du bārāy oriental (le Yaśodhatatāka) et l'édification de monuments, désormais en pierre : le Phnom Bakheng (vers 900), le Mebon oriental au centre du bārāy oriental, et le Prè Rup (vers 960). Les temples-montagnes utilisent des collines naturelles : Phnom Dei, Phnom Bok, Phnom Krom.