L'arrivée au pouvoir en 1989 de Frederik de Klerk modifie la donne politique. C'est au bout de 6 mois de délibération au sein du parti national que cet Afrikaner, jusque là réputé pour ses positions conservatrices, avait accédé au poste de dirigeant du parti avec pour mandat de réformer le système afin de répondre à l'aspiration du vote égalitaire des Noirs et de poser dans un cycle de négociations constitutionnelles, l'intangibilité de certains principes comme l'inviolabilité de la propriété privée et la mise en place de dates butoirs pour bloquer de possibles revendications foncières.
Les partis politiques autrefois interdits sont légalisés et les négociations officiellement entamées dès mars 1990 entre l'ANC et le gouvernement. La majeure partie des lois d'apartheid sont abolies entre 1989 et juin 1991 et un forum constitutionnel est mis en place en avril 1992, suite au mandat spécifique pour négocier avec les partis comme l'ANC, accordé par près de 70 % des électeurs blancs au président sud-africain le 17 mars 1992 lors d'un référendum. Si certains des Afrikaners conservateurs se réfugient dans des utopies communautaristes (Volkstaat), d'autres, qui considèrent aussi qu'ils sont le cœur de la nation blanche d'Afrique du Sud, réinventent le slogan « s'adapter ou mourir » pour conduire l'ouverture politique envers la majorité noire du pays.
Après 4 années de négociations constitutionnelles, les premières élections multiraciales se déroulent en avril 1994, débouchant sur l'élection de Nelson Mandela, premier président noir de la République d'Afrique du Sud.
De 1996 à 1998, une Commission de la vérité et de la réconciliation sillonne le pays pour récolter les témoignages des victimes et des oppresseurs, des partisans ou des opposants à l'apartheid75, afin de recenser toutes les violations des droits de l'homme commis de 1960 à 1993 et d'éclaircir les crimes et exactions politiques commis au nom du gouvernement sud-africain mais également les crimes et exactions commis au nom des mouvements de libération nationales.
Le rapport final de cette commission a épinglé l'absence de remords ou d'explication de certains anciens responsables politiques du régime d'apartheid (Pieter Botha, Frederik de Klerk, Magnus Malan) mais aussi le comportement de certains chefs de l'ANC, notamment dans les camps d'entrainements d'Angola et de Tanzanie. Des poursuites judiciaires ou des amnisties ont été recommandées (quand les motivations d'auteurs de crimes ou de délits étaient essentiellement politiques), d'autres ont été refusées. La plupart de ceux qui avaient été inculpés devant les tribunaux comme Magnus Malan ou Wouter Basson ont été acquittés pour insuffisance de preuves, ou parce qu'ils avaient obéi aux ordres.