Pour combattre la Réforme, Charles Quint promulgue en 1521 l’édit de Worms qui interdit strictement l’exercice de la confession luthérienne. Il recommence en 1529 en réunissant une diète à Spire qui décide que la messe doit être célébrée selon le rite catholique même dans les territoires protestants. Les partisans de Luther refusèrent cette décision et furent dès lors surnommés protestants.
En 1546, l’Empereur opte pour l'action militaire, combattant les princes luthériens unis dans la ligue dite de Schmalkalden. Malgré une victoire militaire, une négociation s'impose : les protestants comptent trop d’adeptes parmi les puissants princes allemands. Une négociation commence à Augsbourg.
Le 29 septembre 1555, la Paix d'Augsbourg suspend les hostilités entre les États luthériens et les États catholiques en Allemagne. C’est un compromis qui n’a pu voir le jour qu’en éludant un grand nombre de questions litigieuses. Elle repose sur un principe fondamental : cujus regio, ejus religio c'est-à-dire : « tel prince, telle religion ».
Les princes et les seigneurs étaient désormais libres de choisir, pour eux, leurs vassaux et leurs sujets, entre les deux confessions chrétiennes. Les sujets en désaccord avec la religion de leur suzerain avaient le droit d’émigrer. Elle permet aux princes protestants de conserver les biens de l'Église qu'ils ont sécularisés. Le luthéranisme en tire d'importants avantages et se retrouve à égalité avec les catholiques.
Cette paix relative prendra fin avec la Défenestration de Prague (1618) qui est à l'origine de la guerre de Trente Ans.
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