Son apport essentiel consiste en une conciliation de la science et de la religion qu'il expose dans son Guide des égarés écrit cette fois en arabe. Maïmonide estime que la recherche sans préjugés de la « vérité scientifique », loin d'exclure Dieu, amène à mieux connaître sa perfection - pensée que l'on retrouve d'une certaine manière chez un autre cordouan musulman, Averroes