Sa musique issue d'un mélange des styles français et italien, auxquels elle emprunte de nombreux éléments.
Il a composé des œuvres sacrées telles que des oratorios, des messes, des psaumes, des magnificats. Il a également composé plusieurs opéras, des sonates, préludes pour orchestre, des noëls instrumentaux.
Marc-Antoine Charpentier fut presque complètement oublié jusqu'à ce qu'en 1953 il soit révélé par son Te Deum, dont l'ouverture orchestrale sert d'indicatif à l'Eurovision. C'est à Carl de Nys que l'on doit la redécouverte de ce Te Deum, qui devint également l'hymne du Tournoi des Six Nations. La firme naissante Erato avait accepté d'en assurer l'enregistrement.