Le thème du tableau est une vision de la Nativité du Christ, interprétée comme une Adoration de l'Enfant avec Marie, les bergers et les mages entre des chœurs d'anges, inspirée par les prophéties de L'Apocalypse selon saint Jean.
L'œuvre combine le thème de la nativité du Christ avec celui de la Parousie, le retour du Christ sur terre avant le Jour du jugement comme promis dans le livre de Apocalypse : à ce moment-là on assistera à la réconciliation totale entre les hommes et Dieu, comme semblent l'annoncer les figures enlacées au premier plan. Les trois couples pourraient aussi indiquer les moyens de vaincre la présence du mal, c'est-à-dire par la fraternité et par l'exemple des anges, la prière.
Le fantastique manège du haut a été probablement inspiré par une représentation sacrée. Il s'agit d'une recréation de l'Annonciation, dans laquelle des enfants étaient suspendus dans le vide, soutenus par une structure dorée à forme de coupole, simulant un chœur angélique. Ce type de représentation eut un tel succès qu'il a été longtemps répliqué et il est probable que Botticelli l'ait directement observée.
La ronde de ces douze anges doit correspondre aux douze heures du jour et aux douze mois de l'année, suivant les prêches de Savonarole ; comme les couleurs des trois anges du toit invoquant les trois Vertus théologales : blanc pour la Foi, rouge pour la Charité et vert pour l'Espérance ; comme ceux du bas qui portent les mêmes couleurs en anges sauvant les humains des limbes, et ainsi que les démons chassés.

Dans le groupe à gauche de la crèche on pourrait voir librement une interprétation des rois mages venus adorer l'Enfant (le plus agenouillé est barbu), comme dans le groupe des deux personnages aux chausses trouées et portant besace, agenouillés à droite, en bergers guidés fermement par un ange habillé de blanc.

La composition est caractérisée par des couleurs éclatantes répétées rythmiquement dans les habits des anges et par une disposition extrêmement libre des figures, très éloignée de la rigide géométrie perspective de la culture florentine de la première partie du Quattrocento. Les éléments de style archaïque sont nombreux : fond doré, phylactères, proportions hiérarchiques qui rendent les anges plus petits par rapport à la Vierge selon les conventions de la perspective signifiante de l'art médiéval.

L’espace apparaît dilaté grâce au stratagème de l’ouverture d’un passage dans la grotte et la disposition des personnages sur plusieurs niveaux contribuant à l’augmentation de l’effet de profondeur.

Les symétries marqués, l’attitude des personnages très variée créent une dynamique soutenue.

La composante visionnaire est très présente en opposition aux éléments archaïques de la peinture. Ce contraste détermine la particularité de l’œuvre.

L'irréalisme du tableau est accentué par la présence de textes grecs et latins.

La Nativité mystique (Natività mistica en italien) est une peinture à huile sur toile (108,5 × 74,9 cm) exécutée, autour de 1500-1501, par Sandro Botticelli, et conservée à la National Gallery de Londres.
L'œuvre est l'unique qui soit signée et datée par Botticelli