L'auteur accueille, dans sa nef symbolique, des fous de toutes catégories et fait défiler les faiblesses humaines. De nombreux autres textes rappellent les fêtes des fous en honneur au bas Moyen Âge. Ces textes stigmatisent la folie à Satan. L'atmosphère du temps était à la dérision du comportement du bas clergé. Les carnavals allemands se sont inspirés de ces textes et faisaient défiler des chars représentant la « Nef du Mal » que la foule finalement incendiait.
La Nef des fous faisait jadis partie d'un triptyque dont le centre a été perdu, avec La Mort de l'avare et Allégorie de la débauche et du plaisir, respectivement à la National Gallery of Art (Washington) et à la Yale University Art Gallery (New Haven).
La Nef des fous est entré en possession du Musée du Louvre suite à un don de Camille Benoit en 1918. Le musée possède en outre un dessin préparatoire ayant servi à l'élaboration de l’œuvre.
Le revers du panneau, en grisaille, représente Le Colporteur. Il se raccorde exactement au revers du fragment conservé à Yale. Se répondent ainsi avarice et excès, deux aspects de la même folie pécheresse qui éloigne de Dieu, l'excès étant incarné par une assemblée de gloutons et d'ivrognes voguant à leur perte comme des insensés.