Pour dessiner ou peindre les oiseaux, il doit d'abord les abattre avec du petit plomb pour ne pas les déchiqueter. Il utilise ensuite du fil de fer pour les maintenir et leur rendre une position naturelle. Ses oiseaux sont représentés de façon vivante dans leur habitat naturel. Cette disposition contraste avec les représentations empesées de ses contemporains tels qu'Alexander Wilson. Audubon écrit : « Je dis qu'il y a peu d'oiseaux quand j'en abats moins de cent par jour. » Un de ses biographes, Duff Hart-Davis, observe : « Plus l'oiseau était rare, plus il le poursuivait passionnément, apparemment sans jamais s'inquiéter du fait que tuer le spécimen pouvait précipiter l'extinction de son espèce. »