Les marais de Brouage sont une zone classée Natura 2000. On y trouve notamment une faune riche mais souvent menacée : cistudes (tortues d’eau douce menacées de disparition en Europe), lucanes (cerf-volant) et loutres.
Ces marais sont surtout connus par le grand public pour abriter plus de 150 espèces d’oiseaux. C’est un lieu de nidification des hérons cendrés, hérons pourprés et aigrettes.
Les cigognes blanches y nichent depuis 1978. La région arrive en seconde position après l'Alsace pour l'accueil des cigognes.
Les marais de Brouage, ou marais de Saintonge, s’étendent sur 2900 hectares représentent plus de 92% du territoire communal. Ce sont d’anciens marais salants qui sont aujourd’hui principalement alimenté en eau douce.