Thomas revient de 1268 à Pâques 1272 à Paris dont l'Université est en pleine crise intellectuelle et morale provoquée par la diffusion de l'aristotélisme et par les querelles entre les ordres mendiants, les séculiers et les réguliers. Le théologien Rémi de Florence a suivi ses cours lors de son second enseignement parisien. Il a quarante-quatre ans lorsqu'il rédige la seconde partie (IIa Pars) de la Somme théologique et la plus grande partie des Commentaires des œuvres d'Aristote.

Thomas d'Aquin, un des premiers à distinguer la théologie naturelle (theologia naturalis) et la théologie révélée (sacra doctrina), est parti en quête d'une intelligence de la foi, par la raison naturelle, en s'appuyant notamment sur la philosophie d'Aristote. Cependant, certaines études contemporaines ont rappelé que Thomas d'Aquin est avant tout théologien, et que sa philosophie s'insère dans un système théologique chrétien, qui prend en compte la création, l'existence de Dieu, la vie de la Grâce et la Rédemption.