Les œuvres instrumentales de Dowland ont une importance particulière. Ses compositions pour ensemble de violes de gambe avec accompagnement de luth marquent dans l'histoire de la musique européenne un premier point culminant dans le développement d'une musique instrumentale indépendante de la voix.
La musique de Dowland exprime souvent la mélancolie, un sentiment très présent dans la musique de cette époque. Il écrivit d'ailleurs une pièce pour consort dont le titre pourrait selon certains résumer son œuvre. Elle est intitulée, en latin : Semper Dowland, semper dolens (Toujours Dowland, toujours souffrant). Cette humeur mélancolique est mise en relief par une harmonisation riche en couleurs et en dissonances.