La musique d'orgue de Widor est conçue pour les grandes orgues symphoniques Aristide Cavaillé-Coll que l'on trouve dans les principales églises de Paris. Certains mouvements de ses symphonies, notamment cette fameuse Toccata qui termine la Symphonie n° 5 opus 42, la Marche pontificale de la Symphonie n° 1, ou encore l'Allegro ouvrant la Symphonie n° 6, sont d'une grande virtuosité.
Widor est résolument le premier symphoniste de la littérature pour orgue. Il connaissait la musique allemande, mais son goût est bien plus dans une tradition française de la suite, et pour l'art qui ne s'annonce pas. Il appelait ses grandes œuvres Symphonies, mot qui les lie à la tradition symphonique allemande, mais les symphonies de Widor sont bien autres que des symphonies classiques en quatre mouvements. Les huit premières symphonies pour orgue de Widor ressemblent plus aux suites françaises qu'aux symphonies de Beethoven. Elles sont composées de cinq ou six mouvements caractéristiques, tels que Prélude, Marche, Menuet, Pastorale, Toccata. Les deux dernières symphonies, Gothique (pour Noël) et Romane (pour Pâques), sont remarquables pour leur usage du grégorien dans un contexte qui résume tout l'art de leur compositeur.
On continue toujours à jouer ses compositions, dont sa célèbre Toccata, mouvement final de sa 5e Symphonie pour orgue. Sa musique a été à l'honneur lors du mariage d'Élisabeth II, reine d'Angleterre en 1947.