Suite à l'assassinat du président John F. Kennedy, le procureur Jim Garrison remet en cause le rapport du commissaire Warren. Ce dernier avait clôturé l'affaire en trouvant le parfait coupable, Lee Harvey Oswald. Pour Garrisson, il est impossible que l'homme ait agi seul. Persuadé qu'un complot se trame, Garrison explore des pistes occultées et comprend vite que la CIA, le FBI et le Pentagone ont joué un rôle déterminant dans cette affaire.
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