À sa sortie, beaucoup de gens ont vu dans cette chanson des références bibliques. Paul McCartney a déclaré plus tard que la chanson lui avait été inspirée par un rêve qu'il a fait durant la période tendue des enregistrements du projet Get Back (devenu l'album Let It Be). Il avait rêvé de sa mère Mary McCartney, la Mother Mary à laquelle font référence les paroles, qui est morte d'un cancer lorsque Paul avait 14 ans.
Let it be n'est pas une expression anglaise courante; elle pourrait signifier que cela soit ou qu'il en soit ainsi.

When I find myself in times of trouble
Mother Mary comes to me
Speaking words of wisdom, let it be
And in my hour of darkness
She is standing right in front of me
Speaking words of wisdom, let it be

Let it be, Whisper words of wisdom, let it be

And when the broken-hearted people
Living in the world agree
There will be an answer, let it be
For though they may be parted
There is still a chance that they will see
There will be an answer, let it be

Let it be, there will be an answer, let it be
Whisper words of wisdom, let it be

Let it be, let it be, yeah, let it be
Whisper words of wisdom, let it be

And when the night is cloudy
There is still a light that shines on me
Shine on until tomorrow, let it be
I wake up to the sound of music,
Mother Mary comes to me
Speaking words of wisdom, let it be

Let it be, there will be an answer, let it be
Whisper words of wisdom, let it be