C'est la passion amoureuse entre Julie d’Étanges, une jeune noble, et son précepteur, Saint-Preux, un homme d’origine humble. Après avoir tenté de s’en défendre, ce dernier va tomber sous le charme de sa jeune élève. Saint-Preux et Julie vont alors s’aimer dans le décor du lac Léman, mais leur différence de classe sociale les force à garder leur relation secrète. En raison des conventions sociales qui empêchent cet amour de s’exprimer au grand jour, Saint-Preux quitte la Suisse pour Paris et Londres d’où il va écrire à Julie. Les deux personnages vont alors échanger de nombreuses lettres et billets amoureux délibératifs, cherchant une réponse au dilemme que leur pose leur amour et à la situation catastrophique qu’elle engendre, jusqu’à ce que la famille d’Étanges, ayant découvert cette relation, persuade Julie d’épouser un autre homme, le vieux M. de Wolmar. Lorsque Saint-Preux rentre, des années plus tard, Julie a déjà choisi d’honorer ses vœux matrimoniaux et de remplir ses devoirs d’épouse et de mère. Incapable pourtant d’oublier Saint-Preux, Julie décide, par loyauté, d’avouer cet amour à son mari.

L'un des plus grands succès de librairie de la fin du xviiie siècle, révélant ainsi la place faite à la sensibilité au temps des Lumières.
Intitulé à l’origine Lettres de deux amants, Habitans d'une petite ville au pied des Alpes, La Nouvelle Héloïse s’inspire de l’histoire d’Héloïse et de Pierre Abélard, où la passion amoureuse est dépassée pour céder la place à la renonciation sublimée.
En dépit du genre romanesque sous lequel se présente La Nouvelle Héloïse, l’œuvre baigne dans une théorie philosophique où Rousseau explore les valeurs morales d’autonomie et d’authenticité pour accorder la préférence à l’éthique de l’authenticité contre les principes moraux rationnels : n’accomplir ce qu’exige la société que conformément à ses propres « principes secrets » et aux sentiments qui constituent l’identité profonde.