Chronique du règne de Charles IX est un réquisitoire contre l'intolérance religieuse et les luttes fratricides (au sens propre, puisque Bernard finit par se battre contre son frère, à la fin du roman). La lutte intérieure de Bernard, partagé entre sa foi protestante et son amour pour une catholique fervente, illustre également les déchirements de ce temps.

Prosper Mérimée veut écrire un roman historique, mais très différent de ceux de Walter Scott, très différent aussi de celui de Vigny.
Issu d’une famille voltairienne, Mérimée est critique à l’égard de la religion. Cependant, il fréquente beaucoup les milieux protestants. Écrivant sur les guerres de religion, il se montre, dans ce livre, plutôt favorable aux huguenots persécutés. Parmi ses nombreuses sources3, sa préférence va à d’Aubigné.